Il progetto definitivo del Tram-Treno prevede la dismissione della tratta FLP esistente tra Bioggio Molinazzo – Lugano FFS (via Muzzano / Sorengo), che verrà rimpiazzata da un servizio su gomma (Rapporto generale, pag. 8)

Ecco le dieci ragioni che consigliano di mantenere in vita la linea storica. (I dettagli nei paragrafi seguenti)

1. Resta utile e avrà abbastanza utenza.
2. Non rappresenta un doppione.
3. Non richiede maggiori investimenti, né maggiori spese d'esercizio, anzi permette di risparmiare le spese calcolate per svolgere un servizio autobus sostitutivo.
4. Permette di adottare un modello di esercizio più aderente alla domanda, fornendo cioè maggior frequenza di corse sul ramo Agno Ponte Tresa, che ha un forte carico, piuttosto che su quello di Manno, che ha un debole carico.
5. I tempi di percorso per raggiungere con la FLP la stazione FFS di Lugano sono equivalenti a quelli con il tram-treno. Nel progetto di sistemazione della Stazione FFS di Lugano è già considerata la possibilità di migliorare la relazione pedonale diretta.
6. Il servizio della FLP permette di evitare l'uso delle inquietanti scale mobili in cunicolo, previste dal progetto tram-treno.
7. Il tracciato FLP serve le zone residenziali di Sorengo, Muzzano e Collinadoro e le loro importanti aree di svago di importanza regionale.
8. Mantenendo in funzione la linea si tengono aperte ulteriori possibilità di sviluppo, per ora solo potenziali.
9. l tracciato ha un valore storico e simbolico importante. È un'opera realizzata nel 1912 superando le discordie tradizionali.
10. Il tracciato è panoramico e piacevolissimo. Completa l'offerta turistica del Luganese e ne costituisce un'attrattiva di valore.

Mantenendo in funzione la linea di collina si rende altresì più stabile il sistema di trasporto, perché a guasti sulla linea in galleria si può sopperire con quella in superficie, e viceversa.